Bioinformatics Toolbox contiene algoritmi e app per realizzare pipeline per la bioinformatica, il sequenziamento di nuova generazione (NGS, Next Generation Sequencing), l’analisi di microarray, la spettrometria di massa e l’ontologia genetica. È possibile leggere dati genomici e proteomici per poi esplorarli con l’app Genomics Viewer e visualizzarli con heatmap spaziali e clustergram. Il toolbox (insieme a Statistics and Machine Learning Toolbox) fornisce tecniche statistiche, di regressione e classificazione, e (insieme a Deep Learning Toolbox) tecniche di Deep Learning per realizzare pipeline di analisi complete.

L’app Biopipeline Designer consente di realizzare in modo interattivo delle pipeline per la bioinformatica per l’analisi genomica, in locale o nel Cloud. È possibile usare una combinazione di blocchi predefiniti di pipeline per la bioinformatica che integrano librerie NGS comprovate e blocchi personalizzati per ampliare le analisi con gli strumenti della community. È possibile creare una pipeline per pre-elaborare read, mapparle su un genoma di riferimento ed eseguire l’analisi statistica, come l’analisi di espressione differenziale tramite RNA-Seq o l’analisi tramite ChIP-Seq.