Animazione dei dati sui movimenti della fauna selvatica per ricercatori, ambientalisti e urbanisti

L'app open source accelera le nuove scoperte ambientali


Monitorare e mappare i percorsi delle migrazioni degli animali è fondamentale per una coesistenza equilibrata tra la fauna selvatica e la crescente presenza umana. Grazie ai dati sui modelli migratori e sugli habitat, urbanisti e ambientalisti possono orientare progetti di sviluppo e costruzione, bilanciando le esigenze delle popolazioni di animali selvatici con quelle delle comunità umane.

Gil Bohrer, professore di ingegneria civile, ambientale e geodetica presso l'Università statale dell'Ohio, ha trascorso anni a sviluppare strumenti per analizzare i dati sugli spostamenti degli animali, tra cui l'Environmental-Data Automated Track Annotation (Env-DATA) per collegare i dati di telerilevamento con le tracce degli animali. Lui e il suo team hanno creato delle visualizzazioni per mostrare il movimento degli animali.

“È sempre piaciuto a tutti,” dice.

Dopo il lancio di Env-DATA nel 2011, i ricercatori in possesso di dati sugli animali si sono spesso rivolti a lui chiedendogli aiuto per realizzare strumenti di analisi e animazioni. Quindi, quando il programma di previsione ecologica della NASA ha fornito l'opportunità per Bohrer, la sviluppatrice Justine Missik e la specialista in sensibilizzazione degli utenti Sarah Davidson hanno collaborato per rendere l'analisi dei dati disponibile alla comunità di utenti che monitorano gli spostamenti degli animali. Bohrer aveva molta esperienza.

Bohrer organizzò una coalizione di utenti finali e lanciò Room to Roam: Movimenti della fauna selvatica da Yellowstone allo Yukon (Room2Roam). L'obiettivo di questa iniziativa è quello di creare un archivio completo di dati sulla migrazione degli animali nella regione, fornendo una risorsa preziosa sia per la ricerca che per le applicazioni pratiche nella gestione della fauna selvatica e delle risorse. Grazie a questi dati, Room2Roam può creare strumenti per migliorare la gestione della fauna selvatica, valutare l'efficacia delle aree protette, valutare la migrazione e gli spostamenti della fauna selvatica e stabilire le priorità per le strategie di conservazione nel corridoio faunistico da Yellowstone a Yukon (Y2Y).

Mappa del mondo che mostra i progetti in ogni continente.

Movebank ospita attualmente 6,5 miliardi di posizioni di animali. I marcatori rappresentano progetti gestiti da 4.300 utenti in tutto il mondo. (Crediti dell’immagine: Istituto Max Planck per il comportamento animale)

Un corridoio faunistico è un passaggio o una striscia di terra naturale protetta che consente agli animali di spostarsi tra aree di habitat idoneo che altrimenti lo sviluppo umano potrebbe frammentare. I corridoi faunistici forniscono agli animali rotte migratorie sicure, dove possono trovare cibo e riparo mentre si spostano tra i siti di alimentazione e di riproduzione.

Il corridoio faunistico Y2Y, uno dei più grandi al mondo, si estende per oltre 3.350 chilometri dal Greater Yellowstone Ecosystem, nella parte occidentale degli Stati Uniti, fino al Circolo Polare Artico, nel Territorio dello Yukon in Canada. Secondo l’Iniziativa di conservazione da Yellowstone a Yukon, l'area si estende su cinque stati americani, due province canadesi, due territori canadesi e almeno 75 territori indigeni. La distesa ospita ecosistemi montani, forestali e pascoli che ospitano orsi grizzly, caribù, lupi e numerose specie di uccelli, tra cui l'aquila reale.

I dati di tracciamento degli animali di Room2Roam sono archiviati su Movebank, una piattaforma globale per l'hosting e l'accesso ai dati sugli spostamenti degli animali raccolti dai sensori installati sugli animali. Lanciato nel 2008 dal Max Planck Institute of Animal Behavior, dal North Carolina Museum of Natural Sciences e dall'Università di Costanza, il sito Movebank contiene ora oltre 6 miliardi di sedi in tutto il mondo. Oltre 4.300 partecipanti forniscono dati.

Storicamente, i progetti finanziati si sono concentrati su risultati accademici, come articoli di ricerca. Room2Room, d'altro canto, dà priorità alle esigenze dei professionisti, secondo Davidson, che è anche curatore dei dati per Movebank e coordinatore di Room2Roam.

Questo nuovo approccio ha portato Room2Roam a coinvolgere direttamente gli utenti finali. Nel loro primo incontro con gli utenti, Bohrer e i responsabili del progetto Room2Roam hanno incontrato circa 40 rappresentanti di agenzie e gruppi ambientalisti che lavorano nel corridoio faunistico per raccogliere feedback sullo sviluppo di strumenti per la regione. Una delle richieste più frequenti? Visualizzazione.

Mappa del Canada e degli Stati Uniti che evidenzia il corridoio migratorio da Yellowstone a Yukon (Y2Y) e mostra i dati sul tracciamento degli animali all'interno del corridoio.

Il corridoio faunistico Yellowstone-Yukon si estende per oltre 3.350 chilometri dal Greater Yellowstone Ecosystem, negli Stati Uniti occidentali, fino al Circolo Polare Artico nel Territorio dello Yukon in Canada. (Crediti dell’immagine: Istituto Max Planck per il comportamento animale)

“Tutti volevano animazioni per i loro dati,” afferma Bohrer.

Creazione dello strumento

Bohrer aveva utilizzato MATLAB® per creare visualizzazioni per il suo lavoro. Si è rivolto a MathWorks per finanziare e collaborare al progetto Room2Roam, sapendo che MATLAB era all'altezza della sfida. “Avevamo bisogno della potenza di calcolo di MATLAB per gestire la grande quantità di dati sui movimenti degli animali e di telerilevamento,” afferma.

“Avevamo bisogno della potenza di calcolo di MATLAB per gestire la grande quantità di dati sugli spostamenti degli animali e di dati di telerilevamento.”

Due anni dopo, Room2Roam è stato lanciato ECODATA-Animate. Realizzata con MATLAB, l'app consente ai ricercatori di creare animazioni personalizzate dei movimenti degli animali sovrapposte a mappe geografiche e osservazioni ambientali dinamiche. L'app funziona senza licenza MATLAB e offline, consentendo ai ricercatori di utilizzarla sui propri computer portatili, anche in luoghi remoti senza accesso a Internet.

Bohrer, Missik e Davidson hanno progettato ECODATA-Animate con MATLAB App Designer e Mapping Toolbox™. Per visualizzare scene di fauna selvatica, l'app utilizza quattro tipi di dati principali: dati geografici, dati sugli spostamenti degli animali, dati ambientali e dettagli sulla posizione, come strade e nomi. Può includere anche mappe fornite dall'utente in formato GIS, come ad esempio mappe di sviluppo futuro pianificato. MATLAB combina questi molteplici livelli di dati in un'unica mappa integrata.

“Questo è stato un grande vantaggio,” afferma Bohrer. “La maggior parte degli altri strumenti non lo fanno perché non è banale. MATLAB ti consente di gestirlo molto facilmente.”

Il video dura 0:43

La mappa ECODATA-Animate degli spostamenti degli animali in un periodo di un anno. (Credito video: The Ohio State University)

I ricercatori e i gestori della fauna selvatica erano ansiosi di fare di più con i loro dati rispetto alla semplice creazione di mappe statiche, ma creare un video o un'animazione basati sui dati risulta spesso difficile per i ricercatori che non hanno solide competenze di programmazione.

Ma grazie all'interfaccia grafica utente ECODATA-Animate, i ricercatori possono creare facilmente animazioni vivide dei movimenti degli animali in pochi minuti o ore. I ricercatori del workshop per utenti finali Room2Roam sono rimasti stupiti dalla rapidità con cui sono riusciti a trasformare i dati in animazioni facilmente comprensibili.

“Alla fine del primo giorno, un partecipante si è avvicinato agli organizzatori e ha detto: 'Ho appena realizzato questo filmato sui boschi che studio da 20 anni,” racconta Bohrer.

I dati prendono vita

ECODATA-Animate è utile ai ricercatori che si occupano di animali, ai servizi dei parchi, ai gestori della fauna selvatica, ai gestori del territorio e ad altri soggetti interessati al monitoraggio degli spostamenti e degli habitat degli animali. Anche le agenzie governative, come i trasporti, la sanità e l'agricoltura, hanno un interesse personale nel tracciare gli spostamenti degli animali.

“Stiamo utilizzando un approccio scientifico aperto per sviluppare e condividere questi strumenti. Ciò ci consente di accelerare lo scambio di informazioni per usi applicati e scientifici.”

Nel Territorio del Nord-Ovest, i ricercatori hanno utilizzato un'animazione multispecie per illustrare come diversi animali selvatici rispondono alle strade. Le renne si allontanano, frammentando potenzialmente le popolazioni, mentre i bisonti seguono le rotte, aumentando il rischio di collisioni tra veicoli.

“La strada colpisce entrambe le specie, ma in modi totalmente diversi,” afferma Bohrer.

Le animazioni possono aiutare queste diverse parti interessate a comprendere e comunicare meglio i modelli di comportamento e i requisiti di sostenibilità delle diverse specie.

“Poter guardare un filmato di un minuto può fare la differenza nel far sì che le persone capiscano o meno la necessità di costruire un cavalcavia per la fauna selvatica,” afferma Davidson.

Uno screenshot dell'interfaccia utente di ECODATA-Animate mostra che è possibile modificare gli individui selezionati, l'intervallo di tempo o la posizione geografica.

L'interfaccia ECODATA-Animate intuitiva per caricare e animare i dati di tracciamento degli animali. I dati di tracciamento caricati popoleranno automaticamente il contenuto dei campi, che potranno essere aggiornati per definire meglio cosa includere nell'animazione. (Crediti dell’immagine: The Ohio State University)

Screenshot dell'app ECODATA-Animate su MATLAB File Exchange.

Il professor Bohrer ha condiviso l'app ECODATA-Animate e il codice su GitHub e MATLAB File Exchange.

Una volta sviluppato lo strumento dal team Roam2Roam, un altro obiettivo del finanziamento della NASA è stato quello di offrire questi strumenti a gruppi e ricercatori che lavorano con dati sugli animali in tutto il mondo. Sebbene sia ancora agli inizi, la portata di ECODATA-Animate si sta espandendo rapidamente da quando Bohrer ha condiviso l'app e il proprio codice su GitHub® e MATLAB File Exchange.

“Stiamo utilizzando un approccio scientifico aperto per sviluppare e condividere questi strumenti,” spiega Davidson. “Ciò ci consente di accelerare lo scambio di informazioni per usi applicati e scientifici.”

A seguito del forte interesse, i membri del team di Room2Roam hanno tenuto più di 30 presentazioni e workshop per comunità di ricercatori e professionisti desiderosi di saperne di più sull'utilizzo degli strumenti. Ciò include alcune persone nel Algonquin to Adirondacks (A2A) Collaborative, un gruppo simile a Y2Y. A2A protegge un corridoio faunistico che si estende per oltre 40.000 miglia quadrate attraverso la parte orientale degli Stati Uniti e del Canada.

Bohrer vede ulteriori applicazioni per ECODATA-Animate. Spera di aggiungere supporto per ulteriori tipi di dati osservativi, come eBird, un database di avvistamenti di uccelli basato sul crowdsourcing gestito dal Cornell Lab of Ornithology. Vuole anche creare un'animazione a schermo diviso per tipi di dati basati sulla posizione, come le fototrappole, consentendo all'utente di cliccare su un punto dati di una fototrappola e di vedere un video della ripresa della fotocamera su una schermata e una mappa dei dati da tutte le posizioni delle fotocamere sull'altra. Prevede di utilizzare strumenti MATLAB, come Wavelet Toolbox™, per ampliare i tipi di analisi applicati ai dati sugli spostamenti degli animali.

Una visione globale dettagliata

Una volta Bohrer sentì qualcuno della NASA spiegare che non è possibile osservare nulla in nessun luogo o tutto in nessun luogo. In altre parole, la maggior parte dei ricercatori limita le proprie osservazioni a regioni minuscole, mentre alcuni sforzi su larga scala, come i satelliti, adottano uno sguardo più ampio ma più grossolano all'intero pianeta. Combinando le due scale potremmo scoprire nuove intuizioni sul nostro mondo.

“Dobbiamo in qualche modo combinare tutte queste osservazioni puntuali in un quadro globale,” afferma Bohrer. “E senza la condivisione aperta dei dati, ciò non accadrà mai.”

Riducendo le barriere all'elaborazione, alla sintesi e alla condivisione dei dati attraverso l'uso di dati e strumenti comuni, ECODATA-Animate contribuisce a dare il via a un'era di approfondimenti basati sui dati sugli spostamenti degli animali e sui cambiamenti ambientali su scala globale.

Una delle motivazioni che spinge a condividere maggiormente i dati sul comportamento degli animali è l'enorme sforzo necessario per etichettare e tracciare gli animali, ad esempio lanciandosi dagli elicotteri per mettere un collare ai caribù. Spesso, i dati duramente acquisiti restano archiviati nei computer portatili dei ricercatori o in qualche archivio protetto.

Per contrastare questo fenomeno, Bohrer, Missik e Davidson hanno fatto in modo che gli strumenti ECODATA siano gratuiti e open source, ma che il loro utilizzo non richieda la divulgazione a terzi di dati sensibili sui movimenti. Riducendo le barriere all'elaborazione, alla sintesi e alla condivisione dei dati attraverso l'uso di dati e strumenti comuni, ECODATA-Animate contribuisce a dare il via a un'era di approfondimenti basati sui dati sugli spostamenti degli animali e sui cambiamenti ambientali su scala globale. Queste intuizioni possono essere pubblicate.

“Se tra 50 anni i dati non saranno disponibili negli archivi aperti, andranno persi, insieme alla nostra possibilità di comprendere il mondo in modo olistico,” afferma Bohrer.


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