dicomファイルの​連続したトリミング画​像をdicomファイ​ルに保存したい。

あるフォルダに入っている複数枚のdicomファイルを同じ座標でそれぞれトリミングし、トリミングした画像を指定したフォルダ内にdicomフォルダに保存したいです。

下記のスクリプトを実行しているのですが、dicomwriteの場所でエラーになってしまいます。

改善法をご教示いただけないでしょうか。

%% pnameに編集したい画像の入っているフォルダのパスを設定
pname = 'トリミングしたい画像が入っているフォルダのパス'; %% 実験ごとに変更の必要
DD = dir([pname,'/','A（画像名の共通部分）*']);%% IM-...などのdcmファイルに共通している名前を記載する
ff = size(DD,1); % N of folder (= sections)
mkdir folder　%%カットしてできたdcmファイルを保存するフォルダを作成する
s = dicomread('A1.dcm');
[J,rect] = imcrop(s);

%% 以下for文で全フォルダ内のデータを計算する。
for i = 1:ff %ff
    dir_name=DD(i).name;
    pname_dir=[pname,'/']
    list_dicom = dir([pname_dir,'*.dcm'])
     gg=size(list_dicom,1); % N of slices

for j = 1:gg
    I = dicomread(DD(j).name);
    I2 = imcrop(I,[rect])
    dicomwrite(I2,['folder','Acut',num2str(i),'.dcm']);
end
end

Answer 1

[Kojiro Saito]

dicomwriteのエラー内容の情報もあると確実ですが、取り急ぎ気付きとしてフォルダーfolderの下に出力されるようになっていないので、以下のように修正が必要と思います。

dicomwrite(I2, fullfile('folder', ['Acut',num2str(i),'.dcm']));

[秋葉]

回答ありがとうございます。

エラーの内容は以下の通りです。

次を使用中のエラー: images.internal.dicom.dicom_open_msg
書き込み用に "folder/Acut1.dcm" を開けません。
エラー: dicomwrite>write_stream (行 485)
file = images.internal.dicom.dicom_open_msg(file, 'w');

エラー: dicomwrite>encodeAndWriteAttrs (行 145)
msg = write_stream(destination, data_stream);

エラー: dicomwrite>write_message (行 102)
    encodeAndWriteAttrs(attrs, options, filename, specificCharacterSet);

エラー: dicomwrite (行 28)
    [status, options] = write_message(X, filename, map, metadata, options);

エラー: sandbox1 (行 19)
    dicomwrite(I2, ['folder/','Acut',num2str(i),'.dcm']);

[Atsushi Ueno]

横やり失礼致します。

もしかすると、この MATLAB Answers の MATLAB Online 環境では、フォルダ作成は出来てもその内部にファイルを書き込む事が許可されていないのかもしれません。(同じエラーが出たので）

なんか質問に挙げられたプログラムの意図が良く分からないので、MATLABの持っているデータを使って取り敢えず動く形にしたのですが、意図した動きになっていますか？

%% pnameに編集したい画像の入っているフォルダのパスを設定
pname = '/MATLAB/toolbox/images'; %% 実験ごとに変更の必要
DD = dir([pname,'/','imd*']); % 適当なdcmファイルを含むフォルダ(imdata)を選ぶ様にした
ff = size(DD,1); % N of folder (= sections)
mkdir folder　%%カットしてできたdcmファイルを保存するフォルダを作成する
rect = [10,10,30,30]; % 手作業で指定する代わりに適当な範囲に固定

%% 以下for文で全フォルダ内のデータを計算する。
for i = 1:ff % この例ではff=1になる
    dir_name=DD(i).name;
    pname_dir=[pname,'/',dir_name,'/']
    list_dicom = dir([pname_dir,'*e.dcm']); % 適当なdcmファイルを選ぶ様にした
    gg=size(list_dicom,1); % N of slices

for j = 1:gg % この例ではgg=1になる
    list_dicom(j).name
    I = dicomread(list_dicom(j).name);
    I2 = imcrop(I,[rect]);
    dicomwrite(I2, ['Acut',num2str(j),'.dcm']);
end
end

pname_dir = '/MATLAB/toolbox/images/imdata/'

ans = 'CT-MONO2-16-ankle.dcm'

ls -la % dcmファイルが書き込まれた

total 16
drwxr-xr-x 3 mluser worker 4096 Mar 24 08:04 .
drwx------ 1 mluser worker 4096 Mar 24 08:04 ..
-rw-r--r-- 1 mluser worker 2830 Mar 24 08:04 Acut1.dcm
drwxr-xr-x 2 mluser worker 4096 Mar 24 08:04 folder　

[秋葉]

ありがとうございます。

解決しました。