Bioinformatics Toolbox - MATLAB

Bioinformatics Toolbox

 

Bioinformatics Toolbox

Lettura, analisi e visualizzazione di dati genomici e proteomici

Realizzazione di pipeline per la bioinformatica

Con l’app Biopipeline Designer è possibile realizzare ed eseguire in modo interattivo pipeline end-to-end per la bioinformatica, in locale o nel Cloud. Realizza una pipeline con i blocchi predefiniti che integrano librerie NGS comprovate o con blocchi personalizzati per ampliare le analisi con gli strumenti della community a ogni fase del processo. Esegui le pipeline in parallelo (con Parallel Computing Toolbox) e in modalità batch.

Sequenziamento di nuova generazione (NGS)

Il toolbox offre algoritmi e tecniche di visualizzazione per NGS. Ad esempio, è possibile pre-elaborare read, mapparle su un genoma di riferimento ed eseguire analisi statistiche, come l’analisi di espressione differenziale a partire da dati RNA-Seq o l’analisi di dati ChIP-Seq.

Analisi delle sequenze

Applica metodi di analisi delle sequenze, compreso l’allineamento a coppie, multiplo e di profili di sequenze. Manipola e valuta le sequenze per comprendere in modo più approfondito i tuoi dati. Esegui ricerche BLAST rispetto a sequenze note in database online o locali.

Analisi dei dati di spettrometria di massa

Bioinformatics Toolbox consente di analizzare dati SELDI, MALDI, LC/MS e GC/MS. Gli spettri possono essere linearizzati, allineati e normalizzati. Poi, grazie a tecniche di classificazione, statistiche e di Machine Learning, è possibile creare dei classificatori e individuare i potenziali biomarcatori.

Analisi di alberi filogenetici

Costruisci alberi filogenetici usando collegamenti gerarchici con tecniche diverse, come neighbor joining, legame singolo e completo e UPGMA (Unweighted Pair Group Method Average).

Lettura di dati genomici e proteomici

È possibile leggere i dati da formati file comuni come SAM, BAM, FASTA, FASTQ, GTF e GFF, oltre che da database online, come NCBI Gene Expression Omnibus, GenBank®, e dal Sequence Read Archive. Per i dati troppo grandi per la memoria, è possibile utilizzare dei data container appositi.

Algoritmi statistici e di Machine Learning

Bioinformatics Toolbox offre funzioni che si basano su Statistics and Machine Learning Toolbox, il quale mette a disposizione strumenti interattivi per la selezione delle feature, la classificazione, la regressione, la mappatura e la visualizzazione di percorsi e grafici gerarchici.

Analisi dei dati di microarray

­Normalizza i dati di microarray adottando metodi diversi. Individua i geni differenzialmente espressi ed esegui l’analisi di arricchimento dei risultati dell’espressione con l’ontologia genetica. Visualizza reti di geni e di interazioni proteina-proteina usando gli algoritmi della teoria dei grafi.

Distribuzione e condivisione di app

Trasforma un programma di analisi dei dati in un’applicazione software personalizzata. Realizza interfacce utente personalizzate, esegui l’integrazione con codice C, C++ e applicazioni Java™ e distribuisci applicazioni standalone.

“MATLAB consente ai giovani biologi di apprendere abbastanza nozioni di programmazione e matematica senza farsi spaventare dal codice. Scrivono in MATLAB come se stessero scrivendo un semplice messaggio di testo.”

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